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간혹 도심 속 농지에 대해서도 농지전용허가를 받아야 하는지 여부가 거론되곤 하는데, 이미 주거·상업·공업지역으로 지정된 지역 내 농지라면 별도의 전용허가 없이도 농지전용이 가능하다.

원칙적으로 농지를 전용하여 농지 외의 용도로 개발하려면 전용을 희망하는 사람이 관련 전용허가를 받아야 한다. 주거·상업·공업지역으로의 지정도 유사하여, 지자체장 등이 이들 지역으로 지정하려면 미리 농림축산식품부장관과 농지에 대한 전용협의를 마쳐야 한다. 따라서 이미 지자체장 등이 협의를 마친 이들 지역에서는 사용자가 별도의 전용허가를 받을 필요가 없게 된다.

다른 관심사는 농지보전부담금에 있다. 농지보전부담금은 대체농지조성이나 개발이익 환수 취지로 부과되는데, 전용할 면적에 해당 공지지가의 30%에 해당하는 금액을 곱하여 산출한다. 다만 30%에 해당하는 금액이 ㎡당 5만원을 초과하는 경우에는 5만원을 상한으로 하고 있다.

주목할 점은 1981년 7월 29일 이전에 주거·상업·공업지역으로 지정된 지역 내 농지라면 농지보전부담금까지도 감면된다는 점이다. 따라서 전용허가와 보전부담금 모두를 면하게 된다. 반면 그 뒤로 지정됐다면 전용허가는 받지 않지만 농지보전부담금은 부담해야 한다.

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